sabato 18 luglio 2015

sequenziamento ed allevamento molecolare per le cell. vegetali

Risultati immagini per wiredorso castano : la scienza , sempre di piu' , in misura sempre piu' veloce, sta "addomesticando" la natura. Il "sequenziamento del DNA ,  per individuare i geni da inserire nel DNA per un migliore acclimatamento di piante esogene produttrici di gomma  senza inserire geni eterologhi , ma semplicementer individuando i geni che consentono alle piante della specie di produrre di piu' e di resistere di piu' allo stress ambientale, rendera' autonomi e piu' competitivi gli USA nel campo della produzione della gomma. I presupposti sono : il possesso di laboratori biotecnologici attrezzati e la disponibilita' di ingegneri biotecnologici che lavorino sul campo a tempo pieno. L'economia USA e' sempre piu' strutturata da ll'intreccio sviluppo biotecnologico e sviluppo delle alleanze con aree potenziali acquirenti dei loro prodotti. Questo mentre l'Italia, che pure possiede know how importante vede sempre piu' fughe di cervelli all'estero e restituzioni di milioni di euro all'Europa per inutilizzo. I nostri politici sono DEPRIMENTI!!!

...........Natura, addomesticata (LINK) , stralcio di art. da WIRED
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Poiché l' ingegneria genetica usa il sequenziamento: accademici, ricercatori governativi e grandi aziende stanno usando l'allevamento molecolare ,tecniche per affinare più antiche colture agricole, che combina l'ultima di biotecnologie con metodi di coltivazione antichi. Esaminando da vicino il DNA di particolari piante, possono identificare quelle che produrranno la migliore prole e poi subito c'e' l'incrocio. Separato da qualsiasi tentativo di modificare realmente il DNA di frutta e verdura, il tanto discusso OGM-Argi-gigante Monsanto sta usando questo metodo per accelerare la riproduzione naturale dei prodotti, come lattuga, peperoni e broccoli . Altre aziende Big Ag stanno facendo qualcosa di simile.
Gli agricoltori hanno allevato ibridi per secoli, mettendo due piante promettenti insieme e incoraggiandoli a pollinarsi a vicenda. Ma tale "impollinazione" è lenta per produrre le caratteristiche desiderate. Spesso, la pianta giusta e' combinata con quella sbagliata, e il processo si muove all'indietro.Sequenziatori di DNA forniscono molto più controllo. I ricercatori possono capire meglio cosa sta succedendo, e presto. "Siamo in grado di saltare le molteplici anni di sperimentazione a norma di metodi di riproduzione tradizionali", afferma Patrick Schnable, professore Iowa State University, che è specializzata nel campo della genomica vegetale ....... norma di metodi di riproduzione tradizionali.' Ma l'allevamento molecolare ...può produrre interamente nuove colture, colture che non avevano  senso prima. Prima di entrare in Yulex, Mathur era il tecnologo capo aSG biocarburanti , che trasforma una pianta chiamata jatropha in una fonte di carburante degli aerei . Ora, sta applicando la stessa scienza per guayule.E non è il solo.
Il Dipartimento dell'Agricoltura degli Stati Uniti sta lavorando per sequenziare il genoma guayule in piena, e diverse aziende, tra cui Cooper Tire e un concorrente Yulex chiamatoPanAridus sperano di utilizzare questo per la riproduzione molecolare. Negli anni a venire, le stesse tecniche di allevamento potrebbe aiutare a perfezionare una vasta gamma di altre piante, producendo non solo nuovi carburanti e le nuove materie, nuove fonti di cibo..........Nel 1875, un inglese di nome Henry Wickham contrabbandato circa 70.000 semi Hevea dal Brasile ai Giardini Botanici Reali di Kew nei pressi di Londra. Molti semi marcirono nel viaggio attraverso l'Atlantico. Ma alcuni sono arrivati ​​intatti.Ed alcuni sono germogliati in 'Indonesia, rompendo il monopolio della gomma brasiliano.Ma nei decenni a venire, una foglia rapida diffusione ruggine ha strangolato il mercato hevea in Amazzonia. Ma l'albero ha prosperato sull'altro lato del globo.Clicca per aprire Overlay GalleriaMathur bucce indietro corteccia guayule per mostrare lo strato di cellule parenchima, che possono essere usati per fare gomma. .......Il problema: questo ha creato un nuovo tipo di monopolio. Oggi, Sud-Est asiatico produce il 92 per cento della gomma del mondo, secondo l' Associazione dei Paesi Produttori di gomma naturale , un consorzio che comprende Cina, India, Malesia, Indonesia, Thailandia, Filippine e Vietnam. ..... Nel 1910, un gruppo di imprenditori, tra cui John Rockefeller, ha investito 30 milioni di dollari guayule .Durante la seconda guerra mondiale,dopo che i giapponesi presero la maggioranza delle piantagioni di Hevea nel Sudest asiatico , il Congresso ha approvato una legge che si diffuse in tutta guayule 32.000 ettari in California e Arizona. E mentre i prezzi del petrolio è salito nel 1970-aumentando il costo del sintetico in gomma-una nuova ondata di ricerca guayule ha investitoi produttori di pneumatici americani.
....Nessuno può costruire un pneumatico di decente senza gomma naturale.Gomma sintetica semplicemente non è abbastanza forte, a livello molecolare, per tenere insieme il pneumatico. "Si può certamente costruire un pneumatico di gomma sintetica, ma-a seconda del tipo di pneumatici che non viene eseguito molto bene", dice Chuck Yurkovich, vice presidente senior di tecnologia globale alla Cooper Tire. In quanto tale, l'economia americana è quasi totalmente dipendente da coltivatori del sud est asiatico. Questi produttori hanno la leva per fissare i loro prezzi. La foglia-ruggine o un'altra guerra potrebbero tagliare il nostro accesso a Hevea. E negli ultimi anni, il problema dalle mille sfaccettature è cresciuta più acuto, come le economie di Cina e India maturano a un ritmo rapido. Hanno bisogno di più di gomma per se stessi.
'Sappiamo molto meno su come allevare guayule. Ma ora stiamo andando a ottenere tutte queste informazioni su come funziona '.
Tutto questo è il motivo per cui Colleen McMahan e un team di ricercatori dell'USDA stanno lavorando per sequenziare il genoma guayule. "E 'per questo che ho un lavoro", dice, seduto nel seminterrato del centro di ricerca del USDA in Albany, California, proprio di fronte alla baia di San Francisco.
Come parte di un 6,9 milioni dollari contributo pubblico , che finanzia anche il lavoro a Cooper Tire, PanAridus, Cornell University e Arizona State University, l'USDA spera di rilasciare un genoma completamente sequenziato entro la fine dell'anno. L'obiettivo è quello di creare un riferimento genetico completo che può aiutare i ricercatori a identificare i geni che producono Guayule tratti specifici, come le dimensioni della pianta, il numero di cellule parenchima che circondano il tronco e steli, anche la sua forma.
"Questo è il fondamento per la riproduzione molecolare", dice Bill Belknap, uno dei biotecnologi dell'USDA che lavorano per sequenziare il genoma."Stiamo fornendo le informazioni che permette di vedere dove i geni sono e come si desidera spostare loro."
Il potenziale di miglioramento è enorme, in parte perché guayule è così sotto-allevato, in parte perché la tecnologia di allevamento si sta evolvendo così rapidamente. "La creazione di una merce guayule, che è quello che stiamo tutti i servizi bancari su qui, è dietro la scienza. Questo è quasi mai il caso ", spiega McMahan. "Sapevamo che un bel po 'su come gli esseri umani evoluti grandi prima abbiamo mai sequenziato il genoma. Sappiamo molto meno su come allevare guayule. Ma ora stiamo andando a ottenere tutte queste informazioni su come funziona. "
In circa un decennio, Belknap crede, il lavoro del USDA produrrà nuove razze che possono finalmente spingere gomma guayule in pneumatici commerciali.L'industria del pneumatico si muove lentamente, dice. Ma Eric Mathur crede che i cambiamenti arriveranno presto. Molto presto.
Mathur ha trascorso gli ultimi 20 anni cercando di sbloccare i poteri occulti di organismi che non hai mai sentito parlare. Negli anni '90, andò a lavorare per una società chiamata Diversa, in giro per il mondo alla ricerca di microrganismi che potrebbero migliorare tutto, dalla cura degli animali a olio vegetale. "Ci avevano minato la diversità naturale", dice Mathur."Vorremmo isolare il DNA da sporcizia, da interiora di pesce, da Antartiche  rocce. Vorremmo trovare i geni che si comportavano in modo nuovo, e allora avremmo fondere il meglio di loro ".
Poi, nel 2006, entra a far parte Synthetic Genomics, una società fondata daCraig Venter , uno dei primi scienziati di sequenziare completamente il genoma umano. Lì, Mathur focalizzata sulla trasformazione microbi, alghe e piante in biocarburanti-alternative al petrolio e di gas che utilizzano gli stessi strumenti che hanno guidato il progetto del genoma umano. Più tardi, a SGB, ha fatto lo stesso con jatropha, una pianta utilizzata in precedenza per fare cera portoghese.Clicca per aprire Overlay GalleriaUno scrub guayule appena piantati. JESSE CHEHAK PER WIRED.
SGB ​​sollevato le rese di semi di jatropha di ben il 900 per cento , alla fine la firma di un accordo con BP e gli altri a piantare 75.000 ettari di roba in Brasile. "Il loro lavoro ha mostrato veramente il potenziale delle tecnologie di allevamento molecolari, in particolare per le nuove colture", spiega Iowa State professore Schnable. Mentre il prezzo del petrolio è sceso per la fabbricazione di biocarburanti meno attraente, la società scomparve dalla vista. Ma il suo lavoro aveva attirato l'attenzione di CEO Yulex Jeff Martin.
Martin, l'ex vice presidente vendite e marketing di un dispositivo medico società chiamata SAFESKIN, co-fondatore Yulex intorno al volgere del millennio, con la speranza di trasformare guayule in una nuova fonte di gomma per il settore medicale. Molte persone sonoallergiche alla gomma Hevea , e Martin ha visto guayule come alternativa naturale al lattice sintetico. Ma Yulex non riusciva a trovare un ampio mercato per i suoi prodotti, la FDA ha stretto le misure guayule della società con un'etichetta piuttosto confusa avvertendo che avrebbero potuto alimentare allergie, anche se questo non può essere stato il caso, ...ha lottato per spingere in altri prodotti.......È qui che il team sta lavorando per rilanciare i suoi vecchi di decenni semi guayule. Le più recenti piantine stanno spuntando in "camere ambientali", forni di dimensioni che controllano strettamente temperatura, luce e umidità, ogni pianta e' avvolta in piccoli salviettine per mantenerli umidi. Solo circa l'uno per cento dei semi può essere fatta rivivere. Mathur chiama questi "The Walking Dead", confrontandole con i semi Hevea Wickham portato in Gran Bretagna dal Rio delle Amazzoni. "Si tratta di 30- 50 anni collezioni, e che hanno passato alcuni momenti difficili," dice, spiegando che alcuni di loro sono stati tenuti in freezer  hanno perso il potere di volta in volta. "Non è così diverso dalla storia Kew."Clicca per aprire Overlay GalleriaRaccolti guayule in un impianto di trasformazione Yulex vicino a Phoenix. JESSE CHEHAK PER WIRED
Le impronte digitali genetiche
Il progetto è iniziato con Mathur e la sua squadra raccogliendo tanto guayule "germoplasma" soggiorno- tessuto in grado di produrre nuovi impianti a da quante più fonti disparate possibili. Università. Labs. Collezioni private.Anche se molti altri stanno lavorando per migliorare le rese guayule, tra cui l'USDA, che in genere utilizzano germoplasma dalla stessa zona del Messico, dove guayule origine. "La maggior parte delle linee pubbliche USDA sono strettamente correlati", spiega McMahan. "In passato, i collezionisti hanno cercato grandi impianti e un sacco di gomma, non la diversità genetica." Trovando linee estremamente divergenti, Mathur dice, lui ed i suoi ricercatori può aiutare a produrre il vigore ibrido che vede nel suo 6-foot-2 pollici auto...........
'Quando si mescola um insieme i Geni danneggiativengono annullato.
Una volta che i loro semi rivivono, Mathur e il suo uso squadra macchine di sequenziamento del DNA per identificare particolari sequenze di geni e determinare quali piante sono il più geneticamente diverse. Quelli saranno probabilmente produrre i migliori ibridi.Poi, il team incroci queste piante in una serra lungo la costa della California, producendo ibridi a dozzine. Questo fine del processo è ancora affascinante low tech. Hanno messo le piante in piccole tende piene di mosche bottiglia blu e anidride carbonica, e le mosche portano il polline da una pianta all'altra.Mathur lo chiama "il sesso in gabbia forzata."........
Una volta che l'azienda ha un genoma di riferimento dal USDA, Mathur, dice, il processo accelererà ulteriormente. Con un genoma di riferimento, si può meglio identificare quali impronte digitali del DNA correlano con tratti importanti, prevedere con maggiore accuratezza che le piante producono i migliori ibridi. Egli ritiene che, se abbinato con il lavoro della USDA, le tecniche della società avrà un impatto prodotti commerciali entro il 2019. "Da allora", dice, "ci aspettiamo un vero cambiamento economico".
I cloni ibridi
Amici e colleghi di Mathur vi dirà che è una persona estremamente positiva, una caratteristica che è evidente nel momento in cui lo incontri. Ma significa anche le sue proiezioni dovrebbero essere considerati con un certo scetticismo. In un certo senso, cambiando un settore vecchio e radicato come il business o gomma dell'olio business è un inseguimento donchisciottesca.Tanti i precedenti tentativi di trasformare guayule in una coltura redditizia hanno fallito. Yulex ha lottato per spingere gomma guayule nel mercato per oltre un decennio........"Dobbiamo ancora raggiungere la massa critica, dove le colture sono effettivamente coltivate dagli agricoltori e venduti", dice Katrina Cornish, un professore del dipartimento di cibo, agricoltura e ingegneria biologica presso la Ohio State University, che ha aiutato la ricerca guayule anticipo presso l'USDA e ha lavorato per un certo periodo a Yulex....................Mentre cammina attraverso le righe di ibridi guayule in un enorme serra inclinato a Encinitas, in California, Mathur evidenzia come diverse le piante sembrano l'uno dall'altro. Alcuni sono brevi e tozzo, altri alto e magro. Alcuni hanno piccoli tronchi, altri grandi. Su alcune, le foglie sparse come ventagli.Su altri, sembrano più nastri. Sembra come se le specie completamente separate sono in crescita da riga a riga.........Una volta che hanno trovato i tratti che vogliono, possono indurre la pianta a riprodurre senza sesso per clonare se stessa.  Con questa piccola macchia, le possibilità sono innumerevoli. E mentre camminiamo fuori dalla serra, Mathur punta a un altro. Il trucco ha aggiunto, dice, è che una volta che ha un impianto che gli piace, si può clonare la cosa in perpetuo. E può clonare senza effettivamente modificare i geni.
Guayule mostra ciò che si chiama apomissia facoltativi. Si riproduce in modo sessuale per qualche tempo, ma non tutto il tempo. Ecco perché Mathur e la sua squadra possono attraversare piante di razza e di produrre nuovi tratti (è richiesto il sesso). Ma significa anche che una volta che hanno trovato i tratti che vogliono, possono indurre la pianta a riprodurre senza sesso clonare se stesso.
Mathur chiama "il potere reale" di guayule. La pianta si è comportato in questo modo per secoli. Ma, ora, Mather e il suo team hanno la tecnologia di cui hanno bisogno per sfruttare quel potere. Recentemente hanno applicato per un brevetto su questa tecnologia, credendo che possa finalmente girare guayule in una fonte di gomma naturale americano. Tanti altri non sono riusciti a farlo. Ma non avevano gli stessi strumenti.

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